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生物设计中心是2019年底研究所整合多个计算为主的研究组建立的交叉学科研究中心。中心愿景和长远目标是推动理论模型成为新生物学的核心，使计算设计成为生物技术研发的中枢，通过IT+AI+BT结合开发解决生物学问题的新算法新工具，培养新一代干法生物学家，与生物铸造厂无缝衔接颠覆现有工业生物技术开发模式。

围绕这一目标生物设计中心以工业生物大数据为基础，开发核心数据库、数学模型、设计算法及软件工具，实现酶等生物元件、代谢转化途径和细胞工厂的精准设计。生物设计中心代管研究所的高性能智算平台，为所内外提供算力和软件工具部署维护服务。承担生物制造数据中心建设任务，负责工业酶和工业菌种相关数据的汇交管理和分析系统开发。初步建成涵盖数据库知识库，多种生物细胞模型，酶、途径、菌种设计方法工具的生物设计平台，为所内外生物学家提供酶和途径菌种设计服务。