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  副研究员
 
姓名  
廖小平
性别  
专家类别  
N/A
职称  
副研究员
学历  
博士研究生
电话  
N/A
传真  
022-84861926
电子邮件  
liao_xp@tib.cas.cn
地址  
天津市空港经济区西七道32号
邮编  
300308

简历

1. 教育经历

2002.9-2006.7,中国科学技术大学少年班学院,数学与应用数学,理学学士

2006.9-2011.7,中国科学院数学与系统科学研究院,运筹学与控制论,理学博士

2008.11-2009.2, 德国比勒菲尔德大学,访问学生

2010.4-2011.3, 加拿大阿尔伯塔大学,访问学者

2. 工作经历

2011.8-2014.7, 加拿大阿尔伯塔大学,博士后

2014.8至今,中国科学院天津工业生物技术研究所,副研究员、项目研究员


研究方向:
  

主要研究方向包括生物信息学、计算生物学、人工智能生物学等。围绕工业生物大数据智能分析展开研究,开发核心的数据库、算法和工具。形成了工业生物相关的数据技术体系,开发了一系列工业生物专属数据库,比如糖基转移酶数据库pUGTdbP450酶数据库、大肠杆菌代谢调控知识图谱ERMer等;开发了一系列的网站平台,包括自动化编辑序列设计平台AutoESD、途径计算及可视化平台CAVE、新一代蛋白酶号预测AI工具ECRECer等。


承担科研项目情况:
  

参与/承担国家级、省部级项目10余项,包括国家重点研发计划、天津市合成生物技术创新能力提升行动、合成生物学海河实验室颠覆性创新类项目等。


获奖及荣誉:
  

1. 入选中国科学院青年创新促进会会员、中国科学院特聘研究岗位\中国科学院第四届科苑名匠团队

2. 获得第八届中国创新挑战赛生物制造技术专题赛优秀奖

学术兼职:

任《iMeta》、《Engineering Microbiology》青年编委,中国工业与应用数学学会数学生命科学专业委员会委员和副秘书长。


代表论著:

近年来在Nature GeneticsNucleic Acids ResearchScience AdvancesMolecular PlantResearch等国内外高水平期刊发表文章40余篇,引用接近2000次,获得10余项软件著作权。

2年代表性文章:

1. Liu, Y., Wang, Q., Liu, X., Cheng, J., Zhang, L., Chu, H., Wang, R., Li, H., Chang, H., Ahmed, N., Wang, Z., Liao, X. and Jiang, H. (2023) pUGTdb: A comprehensive database of plant UDP-dependent glycosyltransferases. Mol Plant, 16, 643-646. (IF=27.5, 通讯作者)
2. Mao, Z., Yuan, Q., Li, H., Zhang, Y., Huang, Y., Yang, C., Wang, R., Yang, Y., Wu, Y., Yang, S., Liao, X. and Ma, H. (2023) CAVE: a cloud-based platform for analysis and visualization of metabolic pathways. Nucleic Acids Res. (IF=14.9,通讯作者)
3. Shi, Z., Deng, R., Yuan, Q., Mao, Z., Wang, R., Li, H., Liao, X. and Ma, H. (2023) Enzyme Commission Number Prediction and Benchmarking with Hierarchical Dual-core Multitask Learning Framework. Research, 6, 0153. (IF=11, 通讯作者)
4. Yang, Y., Mao, Y., Wang, R., Li, H., Liu, Y., Cheng, H., Shi, Z., Wang, Y., Wang, M., Zheng, P., Liao, X. and Ma, H. (2022) AutoESD: a web tool for automatic editing sequence design for genetic manipulation of microorganisms. Nucleic Acids Res, 50, W75-W82. (IF=14.9,通讯作者)
5. Mao, Z., Wang, R., Li, H., Huang, Y., Zhang, Q., Liao, X. and Ma, H. (2022) ERMer: a serverless platform for navigating, analyzing, and visualizing Escherichia coli regulatory landscape through graph database. Nucleic Acids Research, 50, W298-W304. (IF=14.9,通讯作者)
6. Liu, Y., Wang, R., Liu, J., Lu, H., Li, H., Wang, Y., Ni, X., Li, J., Guo, Y., Ma, H., Liao, X. and Wang, M. (2022) Base editor enables rational genome-scale functional screening for enhanced industrial phenotypes in Corynebacterium glutamicum. Sci Adv, 8, eabq2157. (IF=13.6,通讯作者) 
7. Liao, X., Ma, H. and Tang, Y.J. (2022) Artificial intelligence: a solution to involution of design–build–test–learn cycle. Current opinion in biotechnology, 75, 102712. (IF=7.7)