孙喆----中国科学院天津工业生物技术研究所

人才队伍

研究员/正高级工程师

孙喆

职　　称：研究员
学　　历：博士研究生
导师类别：博士生导师
通讯地址：天津市空港经济区西七道32号
电　　话：022-24828790
邮政编码：300308
电子邮件：sunzhe@tib.cas.cn
部　　门：微生物代谢工程研究组

简历

2021.12 – 至今，中国科学院天津工业生物技术研究所，研究员，博士生导师

2015.06 – 2021.10，美国国立卫生研究院/国家癌症研究所，博士后

2009.09 – 2015.06，中国科学院上海生命科学研究院，博士

2005.09 – 2009.07，哈尔滨工业大学，学士

研究方向

主要致力于合成生物学使能技术的开发，并应用于微生物细胞工厂的高效筛选和改造。通过设计和利用高通量测序方法，同时结合代谢工程和高通量筛选等手段，开发基因转录和翻译元件、调控因子和功能酶元件的高通量挖掘和改造技术，解析基因在转录翻译和代谢途径表达中的工作机理和调控机制，并通过机器学习等人工智能技术辅助关键酶和生物合成途径的设计及改造，实现工业微生物对大宗化学品和蛋白的高效生产。

代表成果

1. Sun Z, Yakhnin AV, FitzGerald PC, Mclntosh CE, Kashlev M*. Nascent RNA sequencing identifies a widespread sigma70 dependent pausing regulated by Gre factors in bacteria. Nature Communications, 2021. 12: 906.

2. Franco KS^#, Sun Z^#, Chen Y, Cagliero C, Zuo Y, Zhou YN, Kashlev M, Jin DJ, Schneider TD*. Escherichia coli σ38 promoters use two UP elements instead of a −35 element: resolution of a paradox and discovery that σ38 transcribes ribosomal promoters. BioRxiv, 2020.

3. Sun Z, Cagliero C, Izard J, Chen Y, Zhou YN, Heinz WF, Schneider TD and Jin DJ*. Density of σ70 promoter-like sites in the intergenic regions dictates the redistribution of RNA polymerase during osmotic stress in Escherichia coli. Nucleic Acids Research, 2019. 47(8): 3970–3985.

4. Martin CM, Sun Z, Zhou YN and Jin DJ*. Extrachromosomal nucleolus-like compartmentalization by a plasmid-borne ribosomal RNA operon and its role in nucleoid compaction. Frontiers in Microbiology, 2018. 9: 1115.

5. Martin CM, Cagliero C, Sun Z, Chen D, and Jin DJ*. Imaging of transcription and replication in the bacterial chromosome with multicolor Three-Dimensional Superresolution Structured Illumination Microscopy. Methods in Molecular Biology, 2018. 1837: 117–129.

6. Li J^#, Wang C^#, Yang G, Sun Z, Guo H, Shao K, Gu Y, Jiang W* and Zhang P*. Molecular mechanism of environmental d-xylose perception by a XylFII-LytS complex in bacteria. PNAS, 2017. 114(31): 8235–8240.

7. Jin DJ*, Martin CM, Sun Z, Cagliero C and Zhou YN. Nucleolus-like compartmentalization of the transcription machinery in fast-growing bacterial cells. Critical Reviews in Biochemistry and Molecular Biology, 2016. 52(1): 96–106.

8. Sun Z, Chen Y, Yang C, Yang S, Gu Y* and Jiang W*. A novel three-component system-based regulatory model for d-xylose sensing and transport in Clostridium beijerinckii. Molecular Microbiology, 2015. 95(4): 576–589.

9. Gu Y^#, Ding Y^#, Ren C, Sun Z, Rodionov DA, Zhang W, Yang S, Yang C* and Jiang W*. Reconstruction of xylose utilization pathway and regulons in Firmicutes. BMC Genomics, 2011. 11: 255.

专利：

顾阳，肖晗，姜卫红，宁媛媛，李治林，蒋宇，孙喆，杨晟。一种提高丙酮丁醇梭菌在混合糖发酵中糖利用率的方法。中国，ZL201210163123.8。